Патлажданите се обелват, нарязват се на колелца и се слагат в съд, за да се отцедят от горчилката за 30 минути. След това се измиват със студена вода и се подреждат в намазана с олио тавичка, заливат се със зехтина и се запичат за 20-тина минути в загрята на 200 градуса фурна.

Чесънът и лукът се нарязват на ситно и се задушават в малко зехтин, след което към тях се прибавят рендосаните домати. Доматеният сос се сгъстява и като се сгъсти, се добавя каймата. Подправя се със щипка захар и риган.

За приготвянето на заливката брашното се запържва до златисто в малко масло, след което се добавят водата и разбитите яйца. Сосът ври няколко минути и се отстранява от огъня.

В тавичка се редят ред патладжани, ред домати до изчерпване на продуктите. Мусаката се пече на 200 градуса. След около 30 минути печене се залива с приготвената заливка и се допича до златисто. По желание накрая се поръсва с магданоз.