При безпрецедентното избухване на нов коронавирус, който обхваща света, генетичният материал може в крайна сметка да разкаже историята не само откъде е дошъл, но и как се е разпространил и как усилията за неговото овладяване са се провалили.

Проследявайки мутациите на вируса, докато той се разпространява, учените създават родословно дърво в почти реално време, което, според тях, може да помогне да се установи как заразата прескача между страните, пишe  MIT Technology Review.

Когато учените в Бразилия потвърдиха първия случай на коронавирус в страната в края на февруари, те побързаха да секвенират генетичния код и да го сравнят с над 150 последователности, вече публикувани онлайн, много от Китай.

Пациентът, 61-годишен от Сао Пауло, през този месец е пътувал в северния регион Ломбардия в Италия, така че инфекцията вероятно е била получена в Италия. Но последователността на неговия вирус подсказва по-сложна история, свързваща болестта му с болен пътник от Китай и огнище в Германия.

Докато вирусът се разпространява, той мутира, развивайки случайни промени в единични генетични букви в генома си. Проследявайки тези промени, учените могат да проследят неговото развитие и да научат кои случаи са най-тясно свързани. Последните карти вече показват десетки разклонени събития.

Данните се проследяват на уебсайт, наречен Nextstrain, с отворен код за „използване на научния и обществения здравен потенциал на данните за генома на патогените“. Тъй като учените публикуват данни толкова бързо, това е първото огнище, в което еволюцията и разпространението на заразата са проследени толкова много подробно и почти в реално време.

Геномът помага да се покаже къде не са успели мерките за ограничаване. Освен това става ясно, че страните са изправени пред множество навлизания на вируса, а не само едно. В крайна сметка генетичните данни могат да определят първоначалния източник на епидемията.

В Бразилия изследователите успяха да използват генни данни, за да покажат, че първият случай и вторият, открит по-късно, не са много тясно свързани, казва Нуно Фария от Оксфордския университет. Пробите от вируса от двамата пациенти са имали достатъчно разлики, което показва, че трябва да бъдат придобити на различни места.

"В комбинация с информацията за пътуванията на пациента, това показва, че двата потвърдени случая в Бразилия са резултат от отделни въведения в страната"“, пише Фария в дискусия за своите открития.

Тъй като няма ваксина, експертите твърдят, че най-добрият шанс за спиране на вируса е чрез агресивни мерки за обществено здраве, като намиране и изолиране на хора, които са били изложени.

И именно там е полезно еволюционното дърво на вируса, което помага да се проследи разпространението до източника и да се открие къде се съдържа и не се проявява.

Генетичните данни показват, че вирусът е влизал в Европа многократно. Той също така предполага, че епидемията в Мюнхен през януари, за която изследователите смятат, че е била хваната рано, може би не е била успешно задържана.

От 1 февруари около една четвърт от новите инфекции - в Мексико, Финландия, Шотландия и Италия, както и първият случай в Бразилия - изглежда генетично подобен на мюнхенския клъстер, казва Тревър Бедфорд, изследовател в Центъра за изследвания на рака на Фред Хатчинсън и един от създателите на Nextstrain.

"Пациент 1" от мюнхенския клон е 33-годишен германски бизнесмен от Бавария, който се разболя от болки в гърлото и втрисане на 24 януари. Разследващите твърдят, че преди да се почувства зле, че се е срещал с китайски бизнес партньор на посещение от Шанхай, която по-късно тества положително за вируса.

В рамките на четири дни още служители на компанията Webasto са тествани положително. Въпреки че компанията затвори централата си, това не беше достатъчно. Според генетичните данни събитието в Мюнхен може да бъде свързано с прилична част от цялостното европейско огнище, което включва над 3000 случая в Италия.

"Изключително важно съобщение е, че само защото клъстерът е идентифициран, всъщност не означава, че този случай не е започнал верига на предаване, която остава неоткрита, докато не се превърне в [значително] огнище“, Бедфорд публикувано в Twitter.

Точно това според вирусните детективи може да се е случило в щата Вашингтон в САЩ, където преди почти шест седмици е открит първи случай. През февруари обаче, когато секвенираха вируса от нов случай, откриха, че той споделя специфична мутация с първия.

Това означава, че двата са свързани и вирусът мълчаливо се разпространява вътре в САЩ през цялото време. Оттогава Вашингтон отчита 27 случаи и девет смъртни случая, включително хора, починали по-рано, без да бъдат диагностицирани правилно.