Редица нарушения в дейността на Българската агенция за безопасност на храните (БАБХ) установи одит на Сметната палата за съответствие при финансовото управление на агенцията за периода от 1 януари 2012 г. до 30 юни 2013 г.    Одитът е констатирал, че за продължителен период от време в агенцията не е издаден вътрешен акт за определяне реда за събиране на приходи от държавни такси, в резултат на което има приходи в размер на 275 843 лв. с неизяснен характер. По този начин не е минимизиран корупционния риск при осъществяване на дейностите и са създадени предпоставки за извършване на измами. 

Доклад на Сметната палата за извършен одит на БАБХ   Договорите за доставки по проектите са сключени от БАБХ с единствения участник в процедурата за възлагане на обществена поръчка, с което е допуснато договорните цени да са значително по-високи от обявената от възложителя прогнозна стойност.   

Доставките през 2011 г. и 2012 г. за изпълнение на програмите са с едни и същи фирми, въпреки че са извършени по реда на ЗОП. При шест от проверените 11 процедури за възлагане на обществените поръчки не са спазени нормативните изисквания и утвърденият вътрешен ред.  

Одитът на Сметната палата показва още, че в агенцията е допуснато безвъзмездно ползване на имоти без правно основание и в нарушение на действащите нормативни и вътрешни актове. Ветеринарни лечебници - държавна собственост, са предоставяни на частно практикуващи ветеринарни лекари за осъществяване на ветеринарномедицинска дейност.  

При 6 от проверените 11 процедури за възлагане на обществените поръчки по ЗОП не са спазени нормативните изисквания и утвърденият вътрешен ред.   

В три от общо четири проведени конкурса за назначаване на държавни служители в Централното управление на БАБХ конкурсната процедура е започнала в нарушение на нормативните изисквания, тъй като не е открита за незаета длъжност, са констатирали още от Сметната палата. Служители първоначално са назначавани за определен срок за заместване на държавни служители и впоследствие са преназначавани на свободни длъжности, без да са обявени конкурси.